Kaikki kristilliset kirkot jakavat uskoon ja Jumalaan liittyvät perustotuudet, jotka on ilmaistu vanhoissa uskontunnustuksissa. Näistä tunnetuimmat ovat Apostolinen uskontunnustus (synynyt ensimmäisellä tai toisella vuosisadalla jKr.) ja siihen perustuva Nikean uskontunnustus (laadittiin vuonna 325 jKr. ja täydennettiin vuonna 381 jKr.).
Usko kolmiyhteiseen Jumalaan sekä Kristukseen kahteen luontoon – jumalalliseen ja inhimilliseen – yhdistävät perustavalla tavalla kaikkia kristillisisä kirkkoja ja liikkeitä. Kaikkiin kristillisiin kirkkoihin liitytään kasteen kautta ja ehtoollisen vietto koetaan niissä hyvin tärkeänä. Ymmärrys sekä kasteen ja ehtoollisen oikeasta toimitustavasta että toimitusten hengellisestä merkityksestä sen sijaan vaihtelee kirkkojen välillä. Baptistit eivät pidä vanhoista kirkoista poiketen näitä toimituksia – tai esimerkiksi avioliittoon vihkimistä – sakramentteina siinä mielessä, että Jumala lahjoittaisi niiden kautta erityisellä tavalla armoaan ihmiselle. Kasteella ja ehtoollisella katsotaan olevan suuri, mutta luonteeltaan symbolinen arvo.
Baptismi edustaa protestanttista kristillisyyttä, kuten esimerkiksi luterilaisuuskin. Protestantismi syntyi 1500-luvulla alkaneen reformaation seurauksena. Protestanttiset kirkkokunnat korostavat voimakkaasti Raamatun arvovaltaa siinä missä katolinen ja ortodoksinen kirkko näkevät oman traditionsa – eli perinteensä – hyvin merkityksellisenä ja Raamatunkin osana sitä.
Suomen Baptistikirkko huolehtii suhteistaan muihin kristillisiin kirkkoihin ja liikkeisiin muun muassa kuulumalla tarkkailijajäsenenä Suomen Ekumeeniseen Neuvostoon (SEN). Lisäksi monet seurakunnat ovat mukana paikallistason ekumeenisessa yhteistyössä.
Baptistisessa opetuksessa korostetaan luterilaista voimakkaammin henkilökohtaista uskoa Jumalaan. Baptistiseurakunnissa kaste toimitetaan vain uskonsa ilmaiseville. Baptistit eivät näin ollen kasta vauvoja tai taaperoita. Kastettava myös upotetaan kokonaan veteen valelun sijasta. Luterilainen kirkko hyväksyy baptistiseurakunnassa toimitetun kasteen. Pienenä lapsena kastettu henkilö sen sijaan kastetaan uudelleen, mikäli hän liittyy baptistiseurakuntaan. Tämä johtuu siitä, että baptistinen kaste edellyttää henkilökohtaisen uskon tunnustamista.
Baptistiseurakuntien jumalanpalveluksissa ei käytetä liturgiaa, eivätkä saarnatekstit määräydy kirkkovuoden kulun mukaisesti, kuten luterilaisessa kirkossa. Baptistikirkko ei myöskään lukeudu piispallisiin kirkkoihin. Suomen baptistikirkon seurakuntien pastorit eivät yleensä käytä virkatunnuksia, kuten papin kaulusta. Pastorin ajatellaan olevan erityisen pappisviran edustajan sijaan osallinen kaikkien uskovien pappeudesta. Hänellä on seurakunnan muista jäsenistä poiketen kuitenkin erityinen kutsu ja mahdollisuus käyttää aikaansa tehtäviin, jotka seurakunta hänelle osoittaa. Pastorit muun muassa saarnaavat ja opettavat sekä huolehtivat sielunhoidollisista tehtävistä.
Suomessa luterilainen kirkko on kansankirkko. Sillä on pitkälti historiallisista syistä edelleen erityinen julkisoikeudellinen asema yhdessä ortodoksisen kirkon kanssa. Tästä seuraa, että luterilaisella ja ortodoksisella kirkolla on esimerkiksi oikeus kerätä veroa jäseniltään, toisin kuin muilla uskonnollisilla yhdyskunnilla.
Suomen Baptistikirkko on rekisteröity virallinen uskonnollinen yhdyskunta, kuten maamme luterilainen kirkkokin. Baptistikirkko ei kuitenkaan ole luterilaisen kirkon tavoin keskusjohtoinen organisaatio. Kirkkokuntamme koostuu itsenäisistä baptistiseurakunnista. Seurakunnat tekevät vapaaehtoisuuteen perustuvaa yhteistyötä rakentaakseen keskinäistä yhteyttään ja hoitaakseen tehtäviä, joita yksittäisen seurakunnan ei ole mielekästä tehdä yksin.
Suomen Baptistikirkko sekä Finlands Svenska Baptistsamfund (Suomen ruotsinkielinen baptistiyhdyskunta) ovat käyneet virallista dialogia Suomen evankelis-luterilaisen kirkon kanssa vuodesta 1997 noin kolmen vuoden välein. Monien paikallisten baptistiseurakuntien suhteet paikkakuntiensa luterilaiseen kirkkoon ovat lämpimät.
Vapaakristillisten kirkkokuntien väliset erot ovat verrattain pieniä ja tyypillisesti pikemmin kulttuuriin kuin oppiin liittyviä. Esimerkiksi adventistit viettävät pyhäpäivää muista vapaakristillisistä liikkeistä poiketen lauantaina, jolloin he kokoontuvat myös jumalanpalvelukseen. Helluntaiherätyksessä korostetaan voimakkaasti Pyhän Hengen vaikuttamia armolahjoja. Metodistikirkko on puolestaan piispallinen kirkko, jossa on käytössä uskovien kasteen lisäksi lapsikaste. Pelastusarmeija on omistautunut vahvasti yhteiskunnalliselle työlle. Vapaakirkko on monissa suhteissa hyvin samankaltainen kuin baptistikirkko, mutta se on kulttuuriltaan jossain määrin kirkollisempi. Monet vapaakirkon pastorit käyttävät esimerkiksi papinkaulusta, ja useissa vapaakirkon paikallisseurakunnissa ei edellytetä, että sylilapsena kastettu henkilö kastetaan uudelleen hänen liittyessään vapaaseurakuntaan.
Selkeä vapaakristillisiä liikkeitä yhdistävä tekijä on, että niissä kaikissa seurakunnan jäsenyys perustuu uskon tunnustamiseen. Vapaakristillisissä liikkeissä opillinen ja eettinen ajattelu on yleisesti ottaen myös pikemmin konservatiivista kuin liberaalia.
Suomen Baptistikirkko on jäsen Suomen vapaakristillisessä neuvostossa (SVKN), joka on vapaiden uskonyhteisöjen yhteistyöelin. Sen muita jäseninä ovat Suomen Adventtikirkko, Suomen Helluntaikirkko, Suomen Metodistikirkko, Suomen Pelastusarmeija ja Suomen Vapaakirkko. Neuvosto edistää jäsenyhteisöjen toimintaa ja yhteisymmärrystä sekä toimii niiden edunvalvojana. Se osallistuu myös aktiivisesti keskusteluun muiden kristillisten kirkkojen ja yhdyskuntien kanssa.